新冠病毒（SARS-CoV-2）如何進化？我們已知的是，冠狀病毒會重組（不同病毒之間交換遺傳物質），而且病毒的小的基因組亞區可能具有不同的祖先起源，這些都讓了解病毒演化歷史成為一件難度頗高的事情。

當地時間7月28日，頂級學術期刊《自然-微生物學》（Nature Microbiology）在線發表了一篇論文，來自美國賓夕法尼亞州立大學、得克薩斯大學阿靈頓分校，比利時KU魯汶雷加研究所，中國西交利物浦大學、香港大學，英國愛丁堡大學、格拉斯哥大學病毒研究中心的研究團隊指出，新冠病毒SARS-CoV-2可能在40-70年前從與之關系最緊密的蝙蝠病毒中分化出來。

這一發現意味著產生SARS-CoV-2的病毒譜系可能已經在蝙蝠中傳播幾十年了。

該研究題為“Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic”，通訊作者為賓夕法尼亞州立大學的Maciej F. Boni、比利時KU魯汶雷加研究所的Philippe Lemey、英國愛丁堡大學的Andrew Rambaut和英國格拉斯哥大學病毒研究中心的David L. Robertson。

此前，中科院武漢病毒所石正麗研究員等人的研究發現，蝙蝠病毒RaTG13與SARS-CoV-2關系最密切，提示COVID-19暴發可能源于蝙蝠。然而，隨后也有研究在穿山甲體內發現了相似的冠狀病毒（特別是2019年在廣東取樣的一種穿山甲病毒：Pangolin-2019），而且有觀點認為穿山甲可能是中間宿主。

Boni及其同事使用有關sarbecovirus（乙型冠狀病毒支系B，即SARS-CoV-2所屬的冠狀病毒亞屬）的基因組數據，分析了SARS-CoV-2的演化歷史。他們采用了三種方法來鑒定未經歷重組的以及可用于重構病毒演化歷史的SARS-CoV-2病毒區域。

所有方法均表明，RaTG13和SARS-CoV-2擁有共同的單一祖先譜系，估計SARS-CoV-2分別在1948年、1969年和1982年從相關的蝙蝠病毒sarbecovirus中分化出來。

研究團隊還檢查了SARS-CoV-2刺突蛋白（S蛋白）的受體結合域（RBD），它是病毒利用人ACE2受體進入細胞的關鍵蛋白，通常被比喻為“鑰匙”。雖然此前的研究表明，SARS-CoV-2的刺突蛋白在遺傳上更接近穿山甲病毒而非RaTG13，但是研究團隊沒有在刺突蛋白上發現證據，可表明在產生SARS-CoV-2的病毒和其他已知的sarbecovirus病毒之間發生了重組。

根據這一發現，研究團隊提出刺突蛋白及其RBD是產生SARS-CoV-2的病毒、RaTG13和Pangolin-2019的先祖特征，并得出結論：雖然SARS-CoV-2和穿山甲病毒擁有一個共同祖先，而且穿山甲可能在SARS-CoV-2傳人的過程中發揮了一定的作用，但是它們不太可能是SARS-CoV-2的中間宿主。

研究團隊認為，SARS-CoV-2分化時間長表明可能存在未取樣、具有潛在傳染力的蝙蝠病毒譜系，這種傳染力來源于承自祖先的SARS-CoV-2 RBD上人適應接觸殘基的遺傳位點；不過還需要更好地進行采樣來評估這一點。

他們總結表示，蝙蝠病毒譜系中病毒重組的現有多樣性和動態過程，證明了要事先鑒定出有可能引發重大人類疫情暴發的病毒有多么困難，突出地表明需要有人類疾病實時監測系統，快速地鑒定病原體并對其進行分類。

論文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41564-020-0771-4