新冠病毒（SARS-CoV-2）如何進化？我們已知的是，冠狀病毒會重組（不同病毒之間交換遺傳物質(zhì)），而且病毒的小的基因組亞區(qū)可能具有不同的祖先起源，這些都讓了解病毒演化歷史成為一件難度頗高的事情。

當?shù)貢r間7月28日，頂級學術(shù)期刊《自然-微生物學》（Nature Microbiology）在線發(fā)表了一篇論文，來自美國賓夕法尼亞州立大學、得克薩斯大學阿靈頓分校，比利時KU魯汶雷加研究所，中國西交利物浦大學、香港大學，英國愛丁堡大學、格拉斯哥大學病毒研究中心的研究團隊指出，新冠病毒SARS-CoV-2可能在40-70年前從與之關(guān)系最緊密的蝙蝠病毒中分化出來。

這一發(fā)現(xiàn)意味著產(chǎn)生SARS-CoV-2的病毒譜系可能已經(jīng)在蝙蝠中傳播幾十年了。

該研究題為“Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic”，通訊作者為賓夕法尼亞州立大學的Maciej F. Boni、比利時KU魯汶雷加研究所的Philippe Lemey、英國愛丁堡大學的Andrew Rambaut和英國格拉斯哥大學病毒研究中心的David L. Robertson。

此前，中科院武漢病毒所石正麗研究員等人的研究發(fā)現(xiàn)，蝙蝠病毒RaTG13與SARS-CoV-2關(guān)系最密切，提示COVID-19暴發(fā)可能源于蝙蝠。然而，隨后也有研究在穿山甲體內(nèi)發(fā)現(xiàn)了相似的冠狀病毒（特別是2019年在廣東取樣的一種穿山甲病毒：Pangolin-2019），而且有觀點認為穿山甲可能是中間宿主。

Boni及其同事使用有關(guān)sarbecovirus（乙型冠狀病毒支系B，即SARS-CoV-2所屬的冠狀病毒亞屬）的基因組數(shù)據(jù)，分析了SARS-CoV-2的演化歷史。他們采用了三種方法來鑒定未經(jīng)歷重組的以及可用于重構(gòu)病毒演化歷史的SARS-CoV-2病毒區(qū)域。

所有方法均表明，RaTG13和SARS-CoV-2擁有共同的單一祖先譜系，估計SARS-CoV-2分別在1948年、1969年和1982年從相關(guān)的蝙蝠病毒sarbecovirus中分化出來。

研究團隊還檢查了SARS-CoV-2刺突蛋白（S蛋白）的受體結(jié)合域（RBD），它是病毒利用人ACE2受體進入細胞的關(guān)鍵蛋白，通常被比喻為“鑰匙”。雖然此前的研究表明，SARS-CoV-2的刺突蛋白在遺傳上更接近穿山甲病毒而非RaTG13，但是研究團隊沒有在刺突蛋白上發(fā)現(xiàn)證據(jù)，可表明在產(chǎn)生SARS-CoV-2的病毒和其他已知的sarbecovirus病毒之間發(fā)生了重組。

根據(jù)這一發(fā)現(xiàn)，研究團隊提出刺突蛋白及其RBD是產(chǎn)生SARS-CoV-2的病毒、RaTG13和Pangolin-2019的先祖特征，并得出結(jié)論：雖然SARS-CoV-2和穿山甲病毒擁有一個共同祖先，而且穿山甲可能在SARS-CoV-2傳人的過程中發(fā)揮了一定的作用，但是它們不太可能是SARS-CoV-2的中間宿主。

研究團隊認為，SARS-CoV-2分化時間長表明可能存在未取樣、具有潛在傳染力的蝙蝠病毒譜系，這種傳染力來源于承自祖先的SARS-CoV-2 RBD上人適應(yīng)接觸殘基的遺傳位點；不過還需要更好地進行采樣來評估這一點。

他們總結(jié)表示，蝙蝠病毒譜系中病毒重組的現(xiàn)有多樣性和動態(tài)過程，證明了要事先鑒定出有可能引發(fā)重大人類疫情暴發(fā)的病毒有多么困難，突出地表明需要有人類疾病實時監(jiān)測系統(tǒng)，快速地鑒定病原體并對其進行分類。

論文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41564-020-0771-4