7月2日晚，運營第二天的杭州火車南站西廣場出站層出現大量積水，到站旅客推著行李箱趟水出站。至3日清晨，積水已排清水完成保潔，恢復秩序。

2日晚，兩段旅客在杭州火車南站西廣場出站層拍攝的視頻熱傳：大量雨水從一層通往負一層的樓梯流下，旅客推著行李箱趟水出站，網友戲稱“到杭州就成了‘游客’”。另一段視頻顯示，出站層指示牌的底座已被積水淹沒。

1日開通的杭州南站主體由站房、東西廣場組成，是集高鐵、普鐵、地鐵、公交、長途客車于一體的綜合樞紐，總投資46億元。

3日0時38分，杭州蕭山區政府新聞辦公室官方微博“@蕭山發布”發布消息稱，2日20時30分左右蕭山城區出現強降雨并升級為特大暴雨，導致短時內市政管網排水不及，雨水倒灌進杭州南站西廣場地下通道。事發后，南站管委會等啟動應急預案，疏導乘客，進行排水，至2日23時30分左右，雨水基本排清。

澎湃新聞（www.kxwhcb.com）3日從南站樞紐管委會了解到，至3日5時30分許，車站保潔已完成，恢復秩序，接下來相關部門將對排水管網進行改造，確保旅客安全出行。