我國開展轉基因生物安全評價，遵循國際公認的理念和原則。主要原則有：（1）科學原則。對轉基因生物及其產品的評價應建立在科學、客觀的基礎上，充分應用現代科學技術的研究手段和成果對轉基因生物及其產品進行科學檢測、分析和評價，并接受科學界的同行評議。（2）個案評價原則。轉基因生物的安全性因受基因供體、基因受體、基因操作方法、用途和應用環境等不同而不同。因此，應當對每一種轉基因生物逐個進行安全性評價，最大限度地發現安全隱患，保障安全。（3）分階段原則。轉基因生物研發和安全評價分步開展，試驗獲得的相關數據和安全評價信息可作為下一步安全評價的基礎。隨著生物技術的進步和發展，以及生物安全研究的逐步深入，對轉基因生物認識的不斷深入，安全評價方法和技術也會不斷改進和提高。（4）熟悉原則。了解某一轉基因生物的目標性狀、生物學、生態學和釋放環境、預期效果等背景信息，對與之相類似的轉基因生物就具有了安全性評價的經驗，可以通過已經積累的經驗來指導新產品的開發。（5）比較分析原則。以非轉基因生物為參照物，對轉基因生物進行安全性評價。如果轉基因生物在分子特征、環境安全和食用安全方面與對應的非轉基因生物無實質性差異，可以認為該轉基因生物與非轉基因生物是同樣安全的。

我國轉基因生物安全評價主要包括分子特征、環境安全風險和食用安全風險3個方面內容。分子特征主要評價外源基因整合及表達的穩定性，目標性狀表現的穩定性，轉基因作物世代之間外源基因整合與表達情況是否帶來安全風險。食用安全主要評價外源基因及表達產物在可能的毒性、過敏性、營養成分、抗營養成分等方面是否符合法律法規和標準的要求，是否會帶來安全風險。環境安全主要評價轉基因生物在生存競爭能力、基因漂移、生物多樣性和對靶標害蟲抗性風險等方面是否帶來安全風險。