神舟十六號飛行任務是中國載人航天工程進入空間站應用與發展階段后的首次載人飛行任務，乘組還在太空出差，各項在軌工作進展順利。

在航天員與地面科技人員密切配合下，空間應用項目正按計劃穩步推進，共開展了70項航天醫學、生命生態、生物技術、材料科學、流體物理、流體力學、航天技術等空間實（試）驗和8項人因工程技術研究，獲取了大量的實驗數據，還有一些實驗樣品將隨神舟十六號飛船下行，部分項目已取得階段性應用成果，空間站作為國家太空實驗室的綜合效益正在逐步顯現。

此次任務期間，他們還圓滿完成了一次航天員出艙活動、一次“天宮課堂”太空授課、多次載荷出艙、配合完成天舟五號貨運飛船分離撤離等工作。

特別要說的是，受限于微重力環境和空間站容積，物資管理這一在地面看似平常的工作成為日益凸顯的新難題。為此，神舟十六號乘組與地面密切協同，針對性地制定了在軌物資管理減容增效方案，在指令長景海鵬的帶領下，累計轉移物資約850次，反饋物資整理信息135條，全面完成空間站在軌物資盤點和整理工作，使空間站物資存放狀態、信息管理等煥然一新，為后續空間站在軌物資管理樹立了標桿。

此外，神舟十六號乘組返回前，還將視光照條件由航天員手持高清相機通過飛船繞飛拍攝空間站組合體，將有望在軌首次獲取以地球為背景的空間站組合體全貌圖像，這將是第一張反映空間站全構型的“工作照”。