經國務院批準，橫琴口岸澳方口岸區及相關延伸區第二階段客貨車檢區域（澳門大學連接橫琴口岸通道橋除外），自4月20日零時起正式交付澳門特別行政區使用，并依照澳門特別行政區法律實施管轄。

粵澳雙方當日零時在橫琴口岸二期隨車人員驗放廳北側通道舉行了移交儀式。

橫琴口岸第二階段相關區域移交澳門后，粵澳兩地相關部門將繼續推進通關設施設備的安裝與聯調聯試。隨后將進行通關壓力測試及舉行各類應急消防演習，以確保橫琴口岸永久客貨車通道及隨車人員驗放廳正式開通后安全、順暢、高效運行。

據介紹，橫琴口岸二期永久客貨車道將采用“聯合一站式”通關模式，屆時進出境車輛只需一次排隊，便可完成兩地海關、邊檢及檢驗檢疫程序，有效節省通關時間。

在橫琴口岸二期永久客貨車通道正式開通前，通關車輛仍需使用目前的臨時通關車道。

橫琴口岸澳方口岸區分三個階段移交澳方管理，第一階段旅檢大樓及相關延伸區已于2020年3月18日移交澳門管理，并于同年8月18日正式通關。第三階段是澳門輕軌延伸至橫琴口岸區域，預計2024年第四季度完成建設。