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上海本輪監測到30個奧密克戎亞型毒株,尚未發現致病力增強

澎湃新聞記者?陳竹沁
2022-12-31 13:35
來源:澎湃新聞
? 生命科學 >
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· 上海最新監測到的XBB.1.5毒株,已在美國強勢崛起。其顯著的增長優勢,歸功于新突變大大增強了它與ACE2(新冠病毒受體)的結合,還可能使其獲得更多突變。

近日,全球共享所有流感數據倡議(GISAID)數據庫新增369條中國本土新冠病毒測序結果,上傳者為上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院(以下簡稱“上海瑞金醫院”)陳賽娟與上海市公共衛生臨床中心(以下簡稱“上海公衛中心”)范小紅領銜的聯合科研攻關團隊。

澎湃科技記者獲悉,這些樣本來自上海地區新冠患者,隨機采集于今年11月23日至12月22日,經基因測序確認30個已知奧密克戎亞型毒株,尚未發現新的新冠病毒變異株。除了“南方株”BA.5.2和“北方株”BF.7相會于上海,在歐美廣泛流行的BQ.1家族和XBB家族占比超過1/3——這些病例絕大多數為境外輸入病例,處于閉環單獨管理中,因此并未造成BQ.1家族和XBB家族的本土大規模傳播。

上海近期新冠病毒基因測序結果。來源:上海交通大學醫學院

未出現新的新冠病毒變異株

據上海瑞金醫院官方通報,為了評估調整疫情防護措施之后奧密克戎毒株在境內的傳播模式,上述研究團隊分析了當前境內流行的奧密克戎亞型種類。研究論文《初步分析我國2022年秋冬新冠疫情中奧密克戎亞型多樣性與流行病學特征》(Primary assessment of the diversity of Omicron sublineages and the epidemiologic features of autumn/winter 2022 COVID-19 wave in Chinese mainland)發表在《Frontiers of Medicine》上。

研究人員對2022年秋冬期間上海公衛中心收治的患者中隨機抽取的378例樣本進行基因組測序,獲得369個高質量新冠病毒全基因組序列。分子進化樹分析發現,這些病毒基因組中共包含GISAID數據庫里記錄的30個奧密克戎亞型毒株,其中355個(95.95%)基因組序列集中在5個奧密克戎亞系,主要毒株包括已報道在北京和廣州等地流行的BF.7和BA.5.2和近期歐美地區出現的BQ.1和XBB。結合感染者的旅行史和感染接觸史,證明有北京或廣州疫情接觸史者分別主要攜帶BF.7和BA.5.2亞株;從海外入境上海的感染者主要攜帶BQ.1和XBB;而上海本地感染者中除了BA.5.2以外,還有多個奧密克戎亞株相對占比較高。這些結果中尚未發現新的新冠病毒變異株。

新冠病毒的突變和進化。來源:Daniele Focosi

BQ.1和XBB是目前歐美流行度最高的兩個突變株家族。BQ.1是奧密克戎BA.5變異產生的第六代亞分支,其子系BQ.1.1已經成為全球主要流行株。而作為兩個奧密克戎BA.2后代突變株的重組體的XBB,有極強的免疫逃逸能力,在出現后短短兩周內就在新加坡成為主要流行株。二者在歐美廣泛流行,上升趨勢顯著。BA.5.2和BF.7(BA.5.2.1.7的縮寫)也均屬于BA.5亞分支。據新加坡《聯合早報》12月30日報道稱,新加坡本地數據科學研究團隊分析了GISAID數據庫收集的中國新一波疫情期間的病毒基因組序列(來自北京、福建、廣州、內蒙古和四川),并與數據庫里的1440萬個序列進行比較,發現它們和今年7月至12月在全球各地傳播的已知毒株有著密切關系,表明中國至今并未出現新的新冠毒株。

澎湃科技記者獲悉,此次上海研究團隊測序的369個病例,目前無一例重癥,有癥狀的發熱病人,也未檢查出任何血常規或炎癥指標的異常。整體觀察來看,BA.5.2和BQ.1癥狀相對更輕,BF.7的有癥狀比例略高。

12月26日,中國疾控中心病毒所所長許文波接受央視采訪時稱,自12月1日至26日,全國已完成1142例病例的全基因組測序,提示BA5.2和BF.7占全國流行的絕對優勢,兩者合計超過80%,此外還有7個奧密克戎變異株亞分支在全國流行,這些亞型沒有發現有特征性的基因組突變。同時,一共發現31個奧密克戎亞分支輸入國內,其中也包括正在國外加速傳播的BQ.1、XBB等亞分支。

“新毒株的致病力和其他毒株沒有明顯區別,目前暫沒有發現BQ.1和XBB在國內外引起重癥和死亡增加的報道。”在12月20日的國務院聯防聯控機制新聞發布會上,許文波表示,近三個月以來,一共有130多個奧密克戎的亞分支輸入我國,其中9個省檢出BQ.1及其亞分支,3個省檢出XBB亞分支。他當時指出,BQ.1和XBB在國內尚未形成優勢傳播,但其傳播優勢會逐漸增加,與目前的國內主流毒株BA.5.2和BF.7一起,加上其他50多個輸入的亞分支,最終可能形成一個共循環。

新冠病毒進化路線圖。來源:Rodrigo Quiroga

XBB.1.5來勢洶洶

值得關注的是,上海此次監測到的25例XBB家族中,有3例XBB.1.5,同樣都是境外輸入病例,未造成本土傳播。研究人員表示,境外輸入患者中的毒株較為復雜,多為在我國境內首次檢測到。當前測序結果表明,針對境外輸入新型病毒株較多,仍需要常規開展病毒株檢測為后續的科學防控提供依據。

在美國,XBB.1.5已迅速成為頭號流行毒株。美國疾控中心最新數據顯示,近兩周來,XBB.1.5在美國強勢崛起,已取代BQ.1.1和BQ.1的優勢地位。本周(12月25日至31日)XBB.1.5預計占美國新冠病例的40.5%,比前一周(21.7%)幾乎翻一番。

最新研究顯示,XBB.1.5的免疫逃逸能力與 XBB.1相當,但關鍵突變F486P使其具有更高的人ACE2受體結合親和力——ACE2可以被看作是新冠病毒進入人體細胞的“大門”,這意味著XBB.1.5更容易感染人體。試驗表明,在至少接種兩劑mRNA疫苗的情況下,突破感染BF.7也無法誘導對XBB.1和XBB.1.5的高水平中和抗體,難以防止再感染。

國內外專家預計,XBB.1.5將會在短時間內成為全世界的主要毒株,需要密切關注。其中還有一個重要原因是,XBB.1.5 的人ACE2結合親和力幾乎與 BA.2.75 相當,可能使 XBB.1.5 未來像BA.2.75一樣獲得更多突變,不過XBB.1.5目前免疫壓力不大,還不會很快進化。

美國每周監測新冠毒株比例圖。來源:美國疾控中心官網 

12月24日,美國斯克里普斯研究轉化研究所創始人兼所長埃里克·托波爾(Eric Topol)就在個人博客中提出“預警”:XBB.1.5“正處于井噴式增長”。他不無擔憂地指出,該突變株最早在紐約州被監測到,而當地住院人數(尤其是老年人)也隨之急劇上升。

“當然,其他因素也可能導致這一結果,如免疫力下降、更頻繁的室內聚會、寒冷天氣、缺乏緩解措施等,我們不知道XBB.1.5在多大程度上推動了這一進程,但這看起來不妙。它至少做出了貢獻,看到兩個數據如此驚人的共同增長也太巧合了?!蓖胁枌懙?,“未來幾周,XBB占主導的相鄰州的住院情況將如何發展,只有時間能告訴我們答案?!?/p>

    責任編輯:陳竹沁
    校對:張亮亮
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