3月13日上午，第十三屆全國人民代表大會第一次會議舉行第四次全體會議。會議聽取了國務委員王勇關于國務院機構改革方案的說明。

根據此次國務院機構改革的具體方案，水利部職責將進一步優化。

考慮到三峽主體工程建設任務已經完成，南水北調東線和中線工程已經竣工，方案提出，將國務院三峽工程建設委員會及其辦公室，國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室并入水利部。不再保留國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室。

此外，水利部原有的水資源調查和確權登記管理職責，將被整合入新組建的自然資源部；編制水功能區劃、排污口設置管理、流域水環境保護職責，被整合入新組建的生態環境部；農業投資項目管理職責，整合入新組建的農業農村部；水旱災害防治職責，整合入新組建的應急管理部。