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科普|為何叫它BA.2.12.1? 奧密克戎家族命名揭秘
2020年和2021年,世界衛(wèi)生組織宣布新冠病毒出現(xiàn)了令人擔(dān)憂的變異株,并用希臘字母命名它們。今年以來,奧密克戎(Omicron)家族仍然是公眾關(guān)注的焦點(diǎn),奧密克戎譜系下的亞變異株具備了更強(qiáng)的免疫逃逸能力,從而引發(fā)了新一波的感染潮。例如,奧密克戎亞體BA.2.12.1正在北美流行,而BA.4和BA.5又在南非迅速傳播。
鑒于奧密克戎亞變異株的主導(dǎo)地位日益增強(qiáng),近日《自然》雜志采訪了相關(guān)研究人員,以了解目前這些名稱的由來,并了解了為什么世界衛(wèi)生組織沒有給它們起希臘名字,從而促使決策者采取更有力的行動(dòng)。

科學(xué)家如何識(shí)別病毒變異株?
新冠病毒在細(xì)胞中復(fù)制時(shí)發(fā)生突變。從技術(shù)上講,這意味著病毒每天可能會(huì)產(chǎn)生數(shù)百萬種變異株。但是大多數(shù)的變異株并不能提高病毒的生存和復(fù)制能力,這些變異株會(huì)隨著時(shí)間的流逝而消失,被適應(yīng)性更強(qiáng)的變異株打敗。
然而,一小部分變異株確實(shí)受到了推進(jìn)。當(dāng)這種情況發(fā)生時(shí),監(jiān)測(cè)病毒基因組的研究人員會(huì)將樣本中具有相同特定突變的一組進(jìn)行標(biāo)記。為了核實(shí)這些樣本是否構(gòu)成了新冠病毒進(jìn)化樹的一個(gè)新分支,他們會(huì)聯(lián)系已經(jīng)為病毒建立了命名系統(tǒng)的生物信息學(xué)家。此前,由大約24名進(jìn)化生物學(xué)家和生物信息學(xué)家組成了一個(gè)名為“Pango”的組織,他們使用基因進(jìn)化樹軟件將病毒基因組樣本的序列與數(shù)百個(gè)其它樣本的序列進(jìn)行比較。
如果分析表明,這些新樣本來自同一個(gè)新近的祖先,這意味著它們?cè)谶M(jìn)化樹上是一個(gè)特定的譜系。在決定是否為該譜系命名時(shí),Pango會(huì)考慮這些變異株是否隨著時(shí)間的推移出現(xiàn)得更頻繁,以及突變是否集中在病毒的某個(gè)區(qū)域,從而可能使其更具有競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。在這一層面上,一個(gè)譜系的標(biāo)簽并不意味著風(fēng)險(xiǎn)。相反,它可以讓科學(xué)家們密切關(guān)注變異株并了解更多。
英國(guó)愛丁堡大學(xué)進(jìn)化生物學(xué)家、“Pango”成員安德魯·蘭博(Andrew Rambaut)說:“我們想要命名所有在早期階段突然跳到我們面前的東西,這樣我們就可以定義它,并追蹤它,看看它是否相對(duì)于其它譜系生長(zhǎng)得更快。”他說:“你可能都不會(huì)聽說我們命名的大部分病毒譜系,因?yàn)樗鼈儫o法與病毒的其它變異株競(jìng)爭(zhēng),已經(jīng)消失了。”
變異株如何命名?
當(dāng)命名一種變異株時(shí),Pango委員會(huì)使用一個(gè)等級(jí)系統(tǒng)來表明該變異株的進(jìn)化史,以及它相對(duì)于其它變異株的檢測(cè)時(shí)間。名稱的首字母反映了Pango何時(shí)給了這個(gè)譜系一個(gè)標(biāo)簽,標(biāo)簽的序列A到Z,然后從AA到AZ, BA到BZ,等等。后面的數(shù)字以句號(hào)分隔,表示該譜系分支的順序。例如,BA.1、BA.2、BA.3、BA.4和BA.5是奧密克戎祖先株系的前五個(gè)分支。BA.2.12.1是從BA.2分支出來的第12個(gè)譜系,然后是第12叢上的第一個(gè)命名的分支。所有的亞變異株都是變異株,但研究人員使用之前的名稱,來暗示該譜系屬于一個(gè)更大的群體,例如奧密克戎。
如果一種病毒變異株相對(duì)于其它變異株,能更有效地逃逸免疫系統(tǒng),導(dǎo)致更嚴(yán)重的疾病或傳播能力更強(qiáng),世界衛(wèi)生組織可能會(huì)將其確定為一種“值得關(guān)注的病毒變異株VOC”,并將其名稱改為一個(gè)希臘字母。例如,2021年被標(biāo)記為B.1.1.529的一種新冠病毒變異株由于其具有多重令人擔(dān)憂的突變,加上數(shù)目快速增長(zhǎng),世界衛(wèi)生組織在2021年11月將其名稱改為奧密克戎(Omicron)。雖然Pango提供的技術(shù)性名稱旨在幫助研究人員跟蹤新冠病毒的演變,但世界衛(wèi)生組織的命名系統(tǒng)將與公眾溝通的便利性放在了優(yōu)先位置。
新冠病毒是否比其它病毒進(jìn)化得更快?
蘭博特說,不一定。研究人員正在發(fā)現(xiàn)新冠病毒驚人的多樣性,但他們也在以前所未有的速度對(duì)病毒進(jìn)行基因測(cè)序。自2020年1月以來,創(chuàng)紀(jì)錄的1100萬個(gè)新冠病毒基因組被上傳到GISAID數(shù)據(jù)平臺(tái)。相比之下,自2008年5月以來,研究人員將大約160萬個(gè)流感病毒序列上傳到了GISAID的EpiFlu數(shù)據(jù)庫。
盡管如此,蘭博特說,關(guān)于新冠病毒是如何演變,仍有許多懸而未決的問題,因?yàn)樵谑澜缟弦恍┑貐^(qū),病毒的基因組測(cè)序工作幾乎沒有開展,而一些疫情肆虐的國(guó)家正在縮減基因組監(jiān)測(cè)工作規(guī)模。
奧密克戎的亞變異株,比如BA.4,最終會(huì)有希臘名字嗎?
是的,盡管它還沒有發(fā)生。一些研究人員認(rèn)為,目前導(dǎo)致感染人群數(shù)量激增的奧密克戎亞變異株,如BA.4和BA.2.12.1,應(yīng)該有更簡(jiǎn)單的名稱,使得在目前口罩等防護(hù)措施減弱的情況下,政府和公眾能有更好地溝通。他們還指出,不同于德爾塔的亞變異株(媒體上沒有太多討論),BA.4和BA.2.12.1可以逃逸人群早期感染其它奧密克戎亞變異株所產(chǎn)生的免疫力。南非流行病響應(yīng)與創(chuàng)新中心的生物信息學(xué)家Houriiyah Tegally建議說:“每個(gè)人都認(rèn)為只有新的變異株才會(huì)引發(fā)新的感染浪潮,但現(xiàn)在我們看到奧密克戎的家族成員就可以做到這一點(diǎn),也許我們應(yīng)該調(diào)整命名系統(tǒng)。”
但到目前為止,世界衛(wèi)生組織反對(duì)這種想法。世衛(wèi)組織病毒學(xué)家洛倫佐·蘇比西(Lorenzo Subissi)表示,奧密克戎亞變異株彼此之間的免疫逃逸能力并沒有太大區(qū)別。他補(bǔ)充說,如果未來的研究證明,一種奧密克戎亞變異株相比其它亞變異株能夠引起更嚴(yán)重的疾病,該機(jī)構(gòu)的評(píng)估可能會(huì)改變。世衛(wèi)組織新冠病毒應(yīng)對(duì)工作的技術(shù)負(fù)責(zé)人瑪麗亞·范·科克霍夫((Maria Van Kerkhove)補(bǔ)充說,該機(jī)構(gòu)也不建議將技術(shù)標(biāo)簽換成希臘名字。她說:“這已經(jīng)是一種可怕的病毒,仍在不必要地奪去大量人的生命。”她表示,世界各國(guó)領(lǐng)導(dǎo)人已應(yīng)對(duì)此予以關(guān)注。





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