近日， Frontiers in Immunology《免疫學(xué)前沿》雜志在線發(fā)表了題為“Genetic surveillance of five SARS-CoV-2 clinical samples in Henan province using nanopore sequencing”(基于納米孔測序?qū)幽鲜?例新冠病毒臨床樣本的遺傳學(xué)分析)文章，該篇論著以三代測序深度挖掘新冠病毒全基因組序列。鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院遺傳與產(chǎn)前診斷中心主管技師王亞楠為文章第一作者，河南省醫(yī)學(xué)科學(xué)院郭永軍教授，鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院的茍建軍教授、孔祥東教授為共同通訊作者。

該研究中三代測序在河南省新冠定點救治醫(yī)院就地自主實現(xiàn)，數(shù)據(jù)分析也由作者團隊完全自主完成。該研究成果既是遺傳與產(chǎn)前診斷中心長期開展三代測序技術(shù)在產(chǎn)前診斷及罕見病中應(yīng)用的延伸，同時也體現(xiàn)出了遺傳與產(chǎn)前診斷中心團隊與時俱進、抓住機遇、因地制宜關(guān)注新冠病毒研究的創(chuàng)新與求實。

文章研究概述指出，2021 年 8 月期間 SARS-CoV-2 在鄭州出現(xiàn)了小范圍傳播，為了鑒定該次傳播的病毒突變株類型，采集了 5 名患者的鼻咽拭子，通過多重 PCR 的方式富集病毒全長基因組，利用納米孔測序技術(shù)達到了 96% (測序深度≥100x) 的測序覆蓋度。結(jié)果表明 5 個樣本均屬于德爾塔突變株，進一步分析發(fā)現(xiàn)，其中兩個樣本屬于 B.1.617.2 亞系，其余三個樣本屬于 AY.31 亞系，而 AY.31 是 和緬甸密切相關(guān)的一個突變株，測序分析發(fā)現(xiàn)其與緬甸流行株高度同源，與流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果一致。同時，將2021年1月10月中國各個地區(qū)和緬甸上傳到 GISAID 數(shù)據(jù)庫的新冠病毒基因組序列進行遺傳進化分析后，推測 5 個病毒樣本具有不同的病毒傳播鏈。在該項研究中，除了鑒定出德爾塔毒株典型的高頻錯義突變，還鑒定了 5 個在全球發(fā)生頻率<0.1%的低頻突變,分別定位于 Nsp2, Nsp3, Nsp14 和 ORF10 基因。該研究建立了成熟的 SARS-CoV-2 全基因組納米孔測序平臺，為 COVID-19 的監(jiān)控及政府決策提供了有力的技術(shù)支持。

臨床新冠鼻咽樣本全基因組納米孔測序

2021年中國多地區(qū)新冠病毒遺傳進化分析

王亞楠：

主管技師，復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院遺傳學(xué)博士，中共黨員，就職于鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院遺傳與產(chǎn)前診斷中心，主要研究方向為基于納米孔測序技術(shù)進行罕見病的基因診斷與產(chǎn)前診斷。入職以來，王亞楠博士曾經(jīng)多次隨隊參加鄭大一附院緊急支援外地的抗擊新冠疫情工作。

原文鏈接：

https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.814806