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韓春雨,時隔六年再發高分論文
金磊 博雯 發自 凹非寺
量子位 | 公眾號 QbitAI
時隔6年,“韓春雨”這個名字,再次躍入大眾視線。

六年前(2016年),他憑借一把基因“新剪刀”NgAgo登上Nature Biotechnology。
因技術所具備的極高研究、商業價值,可謂是迅速走紅:
諾獎級學者、秒殺半數以上CNS(三大頂刊簡稱)文章、為基因組工程開辟了一個新篇章……
然而震驚國內外之際,“實驗無法復現”的聲音卻接踵而至,被眾多學者質疑其實驗的真實性。
最終,事件延續三年之久,最終以河北科技大學官方宣布“非主觀造假”、Nature子刊撤稿收場。
而就在最近,一篇通訊作者名為韓春雨的高分論文,悄然登上了Oxford Academic旗下期刊NAR(影響因子16.971):

論文第一作者依舊為河北科技大學的高峰(他在6年前那篇著名的NgAgo論文中同樣擔任一作)。
于是,在這樣一個“大背景”之下,韓春雨的新研究迅速引發了高度關注:

雖然這篇論文主要內容與此前的爭議并無太大關聯——提出的是一種新的RNA追蹤技術。
但有過此前“實驗無法重復”的經歷,此次的新研究似乎依舊無法逃出這個熱議之詞的陰影。
那么韓春雨時隔六年的研究具體講了什么?
時隔六年的新研究
從論文的摘要中可以看出,團隊提出了一種高度靈敏性和特異性的新的RNA追蹤平臺。
RNA追蹤是生物醫學實驗中非常重要的一環,科學家們常常通過追蹤RNA的活動軌跡,或查看RNA的分布來分析活細胞中的多個生命流程。
在追蹤之前,首先要做的就是對目標RNA進行“點亮”,即讓一些特殊的分子與RNA結合,從而發出熒光。

然而,不管是廣泛使用的MS2-MCP技術,還是Cas9/Cas13平臺都存在著高背景噪音(High Background Noise)的問題。
而韓春雨團隊在論文中提到,他們設計的RNA追蹤平臺可以做到“檢測目標RNA而幾乎沒有背景噪聲”。
這是一個基于Cas的RNA追蹤平臺:Cas6FC。
Cas6是一種2008年被發現的保護細胞免受入侵傷害的核酸酶,具有RNA結合和剪切能力。
韓春雨團隊注意到,Cas6在與RNA上的Cas6結合位點(CBS)結合時,會產生結構變化。
因此,他們基于這一特點,先對大腸桿菌Cas6(EcCas6)的關鍵殘基進行突變,得到僅具備RNA結合能力的dEcCas6:

然后,在EcCas6蛋白N端和C端分別融合被分割開的熒光蛋白片段(Split Venus),得到一個新的嵌合體示蹤蛋白:VN-dEcCas6-NC。
當VN-dEcCas6-NC特異性結合CBS時,dEcCas6就會發生構象重排,并釋放熒光:

在后續實驗中,韓春雨團隊證明,Cas6FC具有高度的敏感性,只需要在目標RNA上標記一個反應原件,就能“打開”Cas6FC熒光開關,從而“點亮”RNA。

對這一實驗結果,韓春雨表示,Cas6FC可以解決此前RNA追蹤面臨的高背景噪音的困難,但也承認實驗做得“并不豐滿”:
由于人員、經費和設備的限制,一些實操性的實驗還沒有做完整,論文還是重在機理、原理。
在與《中國科學報》的交流過程中,韓春雨也坦言:
最新發表的這項研究和NgAgo沒有關聯,但也是新技術開發,或者說工具的研究發明。
而對于此前熱議的NgAgo,他也做出了最新回應:
過去六年,我們一直在做工具的開發,NgAgo相關的工具我們也一直在做。
細心的網友其實也發現,韓春雨其實在2019年5月,便將此次新研究的核心內容發表在了bioRxiv預印本網站上,未經同行議論。

那么接下來的一個問題便是:
如何看待此次新研究?
雖說韓春雨已經表態,此次研究與NgAgo并沒有關聯,但畢竟在學術界引發過如此大的震動。
那么在這樣“大背景”前提下,人們對于韓春雨此次發表的新研究,又有什么看法呢?
在知乎網友“根鳥”看來,這項研究的發表“非常難得,非常可貴”:
韓春雨近幾年一直被架在火上烤。
頂著這種壓力,做文章出來,非常不容易。
至于對于研究本身,在“根鳥”看來,研究的可信度還是比較高:
這篇文章從2019年開始就掛在了BioRxiv上公開了,現在發出來也是Open Access,面向社會公開。
但目前還沒有看到對文章核心部分的抨擊,它還過了一個不錯的期刊的同行評議,這意味著至少過半的審稿人和編輯都認可這篇文章。
而作為碩士期間有過用CRISPR開發RNA成像工具經驗的知乎網友“Bowen”,也發表了他對韓春雨此次新研究的看法。

他認為:
這篇paper的最大亮點在于利用了EcCas6結合CBS(Cas6 Binding Site)后發生的蛋白構象變化來控制背景信號,從而獲得較高的信噪比。

不過Bowen也客觀地點評道:
就這篇paper正文的數據而言,信噪比其實并沒有非常高,該工具的出現也并沒有帶來革命性的突破,僅僅是錦上添花。
這也是其沒有發到NBT或Nature Methods這樣的頂刊的原因。
但也是基于韓春雨此前的經歷,Bowen認為“業內人員很難不戴有色眼鏡審視這篇文章”:
要讓他人不戴有色眼鏡,只能等到其他課題組重復出實驗結果了。
關于“韓春雨事件”
最后,我們來回顧一下當年震驚學術界的“韓春雨事件”。
時間還需要追溯到2016年5月2日。
在這一天,頂刊Nature Biotechnology發表了韓春雨的一篇研究,名為DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryiArgonaute。

簡單來說,韓春雨的研究屬于“基因組編輯”這個范疇,主要是人為來調整、改變、插入、去除和修改個體或物種的基因組序列。
這種技術帶來的最直接的影響,就是能否治療以往無法治療的病,例如遺傳病。
而這個過程中,最重要的一環,或許就是能夠改變基因底層“代碼”的這把“基因剪刀”。

在韓春雨之前,這方面的佼佼者應當是由華裔科學家張峰及美國、法國科學家共同主導的CRISPR-Cas9。
韓春雨提出的“新剪刀”,則名為NgAgo,也可以對目標基因做有效的切割。
如此一來,若是NgAgo能夠取得專利,就很可能打破國際基因編輯技術的壟斷。
于是,韓春雨和這篇論文,便從開始迅速走紅。
然而到了5月27日,事情卻開始三百六十度的大反轉。

最直接的一個問題便是——實驗無法重復。
這種質疑的聲音最先是在MIT BBS(論壇)上發出,而在7月29日,甚至是此前都曾宣布可以重復實驗的澳大利亞國立大學的學者也發出質疑。
陸陸續續地,來自美國、西班牙等多國的諸位科學家也公開表示,“無法重復NgAgo系統的基因組編輯結果”。
為此,Nature Biotechnology在8月8日還特意在網站發表一篇報道,詳述了多國科學家對此研究的爭議。
而除了國外學者,國內的學者同樣也發出了質疑,10月10日,國內13位知名研究學者實名公開了“實驗無法重復成功”的結果。
但就在次日,韓春雨站出來做出了解釋:
別人重復不了,細胞污染的可能性最大。
即便如此,但質疑之聲依舊在發酵著……
最終,時隔一年多,在2017年8月3日,Nature Biotechnology發布聲明,撤回了韓春雨最初發表這項研究。
但據澎湃新聞當時的描述,論文撤回這一舉動,是韓春雨主動提出。
而河北科技大學方面也在2018年的8月31日晚,給出了正式調查結果:
未發現韓春雨團隊有主觀造假情況。
撤稿論文已不再具備重新發表的基礎,有關方面按照規定已取消了韓春雨所獲得的榮譽稱號,終止了韓春雨團隊承擔的科研項目并收回了科研經費,收回了韓春雨團隊所獲校科研績效獎勵。
……
那么對于韓春雨此次的新研究,你有什么看法呢?
歡迎在評論區留言討論。
韓春雨新論文:
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac014/6513573?login=false
參考鏈接:
[1]https://baike.baidu.com/item/%E9%9F%A9%E6%98%A5%E9%9B%A8/19666385?fr=aladdin#reference-[15]-20296377-wrap
[2]https://www.zhihu.com/question/513279962
[3]http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
[4]https://www.nature.com/articles/nbt.3547
[5]https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2019/05/13/635912.full.pdf
— 完 —
原標題:《韓春雨,時隔六年再發高分論文》
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