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對話地球生物基因組計劃團隊中國成員:數據將免費對外共享

澎湃新聞記者 包雨朦 實習生 姚曉嵐
2017-03-16 07:28
來源:澎湃新聞
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比人類基因組計劃更宏大的地球生物基因組計劃(Earth BioGenome Project, EBP)即將啟動,目標是破譯地球上所有生命的基因組。華大基因成為該項目的發起者之一,并有兩名科學家加入了地球生物基因組計劃團隊。

近日,地球生物基因組計劃參與者之一、深圳國家基因庫副主任、生物多樣性基因組學研究負責人張國捷博士近日在接受澎湃新聞(www.kxwhcb.com)記者郵件采訪時表示,開展地球生物基因組計劃最大的困難在于,需要展開全球范圍內的協作,項目的產生的數據量會達到1EB(1EB=1024TB,1TB=1024GB),龐大的數據量和運算量將極大地挑戰IT存儲和運算技術。而由華大基因運營的中國國家基因庫未來將在物種資源和基因組數據信息保存上發揮重要的作用。

在此之前,“人類基因組計劃”“曼哈頓原子彈計劃”和“阿波羅登月計劃”被稱為自然科學史上的“三大計劃”。而地球生物基因組計劃比人類基因組計劃更宏大,它是第一個真正的全球大型基因組測序項目,號稱要對“地球上的所有生命”進行測序。該項目將首先集中完成約9330個真核生物科級別代表性物種(eukaryotic family)的基因組,從而獲得與人類參考基因組相當或比人類參考基因組更好的參考基因組。接著,在14萬-20萬個真核生物屬(eukaryotic genera)中,對來自每個屬的一個物種進行基因組草圖繪制。最后,對剩下的150萬個已知的真核生物物種(eukaryotic species)的基因組進行低覆蓋測序。

“不同的物種與人類一起組成了大自然生態系統。地球的每個角落也都能找到生物的存在。要了解整個地球的生物信息,就需要組成全球共同協作的工作計劃,以完整地覆蓋地球上的所有物種。”張國捷向澎湃新聞記者表示。

澎湃新聞了解到,華大基因在生物多樣性基因組學研究上已經有十幾年的積累,此次受到邀請加入這一計劃,成為項目的發起單位之一,華大基因理事長楊煥明院士與張國捷也成為該項目的成員。

張國捷向澎湃新聞記者表示,相比此前已經開展的人類基因組計劃,地球生物基因組計劃需要基于新的樣品存儲標準,對全球物種資源做更精細和深入的調查和收集。該項目會對精細度不同的基因組進行分析和進一步測序。

“精細的基因組圖譜不僅可以告知有哪些基因,還能知道基因的順序,基因的控制開關元件等對基因功能有重要影響的信息。基因組框架圖可以提供絕大多數的基因信息,可滿足大部分的研究需要。”張國捷解釋稱。

地球生物基因組計劃產生的數據量將超過1EB,相當于1億部高清電影,播放2.3萬年。張國捷項目目前面臨的困難就在于龐大的數據量和運算量將極大地挑戰IT存儲和運算技術。這一工作需要全球協作,不是一個國家能主導和完成整個計劃。

張國捷指出,制定測序標準是工作的第一步。眼下未解決的難題還包括經費的籌集、樣品資源收集、數據的存儲和計算、公眾以及人才的教育等問題。但他相信通過大范圍的國際協作,相信這些問題都將可以解決和克服。

盡管目前項目分工還未確定,但張國捷表示,華大基因在過去數十年中的研究積累的基因組學測序和分析技術,以及長期積累的學術協作網絡,將在其中發揮重要的作用。同時,華大基因運營的國家基因庫也會在物種資源和基因組數據信息保存上發揮重要的作用。

地球生物基因組計劃項目組預計項目需要40億美元的投入,若資金到位后,該計劃有望在十年內完成。而此前,人類基因組計劃花費的時間長達13年,資金投入30億美元,但其數據量卻不可與地球生物基因組計劃同日而語。

張國捷表示:“這主要得益于測序技術的進步,極大地縮短了測序的周期和成本。高通量測序可以同時高效地對多個物種進行測序。”

據了解,人類基因組計劃的完成,不僅推動全新DNA技術的誕生,其中許多技術都成為現代醫療領域的核心技術,而另一方面,也催生了一個價值200億美元的巨大市場。公開資料顯示,目前基因測序的成本已經從最初的1億美元降至1000美元左右。而地球生物基因組計劃將繼續推動基因測序成本的下降,由此而來的產業受益面將繼續擴大。

張國捷表示,未來地球生物基因組計劃的數據經發表后將會免費與社會共享,這些資源和信息在基礎研究、農業、醫藥、衛生方面將有潛在的廣闊應用。

以林木業為例,在人類演化和生活的進程中,人類學會了用經濟價值和企業利潤來決策如何使用土地,但對某個自然區域之于地球的整體生存能力是盲目的。森林可以作為木材獲得市場價值,同時也能作為下游城市的水凈化系統,這種自然系統的能力區別于經濟價值被稱為自然資本。而地球基因組計劃所收集的數據在未來將幫助人類構建一個經濟分析的框架和中心,以促進未來恢復自然或開發的工作。而地球基因組的工作就是構建這一框架的早期階段。

在過去數年內,華大基因一直在鼓勵民眾參與到基因測序的項目中。此前,華大基因在香港開展的紫荊花基因組項目已經成功地向公眾募集了足夠的經費。未來,地球生物基因組計劃也將吸引更多的IT界人士參與,組織開發更為友好簡便的分析工具,也許會讓更多的公眾參與數據的分析。

除了積極參與地球生物基因組計劃,華大基因還在人工合成染色體方面做出了貢獻。3月10日,國際頂級學術期刊《科學》,同時刊發了中國科學家4篇研究長文,介紹了真核生物基因組設計與化學合成方面的系列重大突破,在該項目中,我國人工合成了4條真核生物染色開啟了“再造生命”新紀元。而該項目中也有來自華大基因的科學家。

華大基因相關人士向澎湃新聞記者介紹,破解生物基因組與人工合成染色體,就好比“讀”和“寫”兩個方面,二者相輔相成。

    校對:丁曉
    澎湃新聞報料:021-962866
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