滿洲代明而興，一方面是以邊緣的身份入主中原，另一方面又繼承、擴大了過去那個天下。這造成了中華道統與新的天下秩序不再嚴密對應。因此，對中華的重新定義，就成了整個近代東亞世界思想變革的起點。日韓的士人藉由思考“華夷變態”重新定位自身，成為19世紀后兩地民族主義思想的重要來源。同樣，中原地區（特別是江南）的知識分子，也借危機而重思華夏，深入探討危機的根源，以學術上的重塑道統，來表達政治上的介入現實。

對清朝學術與思想的評價，向有兩種相反的傾向。一種強調朝廷對士人的思想鉗制，覺得在理學、科舉、文字獄的重重“文網”壓制下，文人只好遁入古籍，把精力都用來訓詁考證，思想活力漸失、學術限于僵硬，導致近代中國取辱于外。一種則突出明末清初思想者們的革命性，認為他們在變亂中提出了類似于同時代歐洲的民本、民權、民族等理念，直接影響了中國19世紀的現代化運動，其意義堪比文藝復興或啟蒙主義。

在事實層面上，這兩種評價都有一定道理。不過，其結論看似截然相反，其實都以西歐歷史敘述為鏡像，以“保守”對“進步”的二元譜系，來框定中國思想的歷史邏輯。所不同者，一個認為滿洲崛起帶來的政治高壓全然消極，另一個則認為“華夷變態”實際刺激了積極的變化。

理出這兩極敘述內在的一致性，需要把清代中國思想的變化放在本土儒學自身的發展脈絡中。首先要說明，一個社會但凡到了積弊叢生、矛盾重重的境地，必然會有新的思想出現，古今中外皆是如此。評價這種新思想，最好不要看它符合或不符合某種預先假定的“進步”軌跡，而要搞清楚它當時針對的問題是什么，誰是“敵人”。思想文化并非空中樓閣，而是發生在具體的歷史情境。

梁啟超概括晚明以來的學術主潮，說是“厭倦主觀冥想，傾向客觀考察；排斥理論，提倡實踐”。但誰是“主觀冥想”和“理論”呢？顯然不是滿清統治者，至少不直接是。明末清初的思想家如顧炎武、黃宗羲、王夫之、朱舜水等，他們所反對的，是當時占統治地位的宋明理學。他們認為朱熹到王陽明那一套道德學問，發展到當時，已經完全成了形而上的玄學，失去了對現實的指導意義，必須改革。

這種痛切主要針對的是明代政治社會的墮落風氣，后來因為國家覆亡，這痛切中又多了一份對江山易色的憤懣。他們把國變的根源，歸結于學術脫離現實，認為是士林智識空虛的結果。顧炎武就批評這些知識精英“以明心見性之空言，代修己治人之實學。股肱惰而萬事荒，爪牙亡而四國亂，神州蕩覆，宗社丘墟”，話說的夠厲害了。到了顏元那里，對知識人的批判就更不留情面，譏諷他們是“平時袖手談心性，臨危一死報君王”，除了那些虛頭巴腦的道德理想和一腔熱血上頭，什么實際的本事都沒有。

極強調在現實中踐行學問的這批思想家，大都投身于反滿抵抗運動中。但他們的抵抗其實是一種政治與文化的兩線作戰：像朱舜水這樣的學者，雖投身復明之業，卻不屑于接受南明的官職，明確表示文化立場與政治立場的分離。他們抗清，但更反禮教；眼前的、政治的敵人是滿清，內心的、文化的敵人是理學。到了抵抗運動失敗后，眼前的敵人打不倒了。他們并沒有以一種簡單的民族主義邏輯，把明亡的根源歸咎于清，而是直指作為內心的敵人的性理空談。

怎么反性理空談呢？政治方面的實踐失敗了，可學術研究必須仍然回到現實問題。所以當時的思想家們，從學習方法上，是主張走出書齋的。他們強調儒士的修身應該文武兼備；要周游山川、尋訪田野；即使是讀書，也不能僅僅滿足于幾部經典，而要兼考天文、地理、歷算等等。顧炎武是非常典型的例子，他45歲以后行走大地，訪古尋跡，“往來曲折二三萬里”，從文獻到碑版無所不讀。其治學以問題為導向，強調解決社會積弊。再如黃宗羲，不但以極富批判性的思想重構理想社會的政治秩序、寫出堪比盧梭《社會契約論》的奇書《明夷待訪錄》，而且在天文、數學、地理等方面也非常有造詣，這當然就和晚明時期由耶穌會士帶入的西學風氣有很大關系。

具體到讀書的理路，他們否定宋明以來的學術道統，主張舍宋學而追漢學。這點和文藝復興的邏輯的確有些相像：歐洲當時的學者藝術家主張要“回到”古希臘羅馬時代的思想和審美“傳統”，去重新認知文明“本來”的樣貌。當然，所謂“傳統”也在這一追尋過程中被發明創造了出來。歷史上的回歸運動屢見不鮮。回溯歷史、正本清源其實是革新改制的另一種說法，重新解釋過去，就是為了指向現實和未來。清初思想家厭惡宋學，認為朱熹王陽明以來的學術，受到禪、道的影響，使得兩漢至唐以來的經學傳統變成了抽象、空疏的性理之學。所以他們要做的，是重新“回到”經學傳統中去找尋正解。

如何“回到”經典來重新解釋？他們多采取歷史主義態度，即把古典文本視為動態時間中的產物，而不是脫離具體語境的靜態的形而上之學。即使是孔孟這樣的“圣人”，也是歷史的一部分，而不是神學的一部分。既然“六經皆史”，自然首要是辨析材料，判明真偽，否則對文本的解釋就不能成立。而在經典漫長的繼承流轉過程中，語言、文字、意義等有了復雜的變化，更不要說偽作層出，魚龍混雜。于是治學的第一要務，便自然是利用各種方法，特別是歷史語言學的方法，來考校文本，去偽求真，深查文義。所以顧炎武才會強調，“讀九經自考文始，考文自知音始。”

作為“清學之祖”，顧炎武開辟了嚴格考據的風氣。其后一大批受他影響的學者，如閻若璩、錢大昕、段玉裁、王念孫、惠棟等，把這套歷史語言學方法發揮到了極致，引出所謂乾嘉學派的大興。需要注意的是，即使是以考證聞名的大家，也很少抱著為了考訂而考訂的態度。考證訓詁的背后，有著全面整理學術道統的雄心，而支持者這種學術雄心的，則是鮮明的政治動機和強烈的社會關懷。

到了乾隆時期，反宋學的漢學一派，在學林中穩據主流。雖然其意識形態有明確的抗爭色彩，但在理論前提上，恰與同樣反對明末學風的官方朱子學有一致之處。清廷為了宣示自身的正統性，也需要對學術加以利用和收編。乾嘉考據一派漸趨僵化，在后世受到許多批評，成了埋首故紙、不問世事的代名詞。為什么如此強調經世致用的清學，卻收縮成了無關事功的考據，把方法當作學問本身、失去了對現實的關注和批判？通行的解釋，還是考察學術與政治的關系。一種思路強調，文網過密造就“自我壓抑”的社會氣氛，所謂“權力的毛細管作用”（王汎森），導致思想失去沖擊性。另一種思路則認為，康雍之后帝王與士林之間的對立關系也有了松動和變化，在爭奪道統的過程中，兩者思想逐漸“趨同和合流”（楊念群）。說來也不奇怪，新的學派在推翻舊學統，達到頂峰，確立主導地位之后，大都會趨于守成，以理論代實踐，變成一種新的僵化保守，在原本富于政治性的地方去政治化了。但我們不應因為后來的壓抑和合流，而忘記它本性中的革命性。

儒家學說向來有“面向現實改造環境的外在性格”（李澤厚）。清學性格中的求實求真，在整個中國乃至東亞的現代思想史上都有著重要的作用，當然不能以“萬馬齊喑”來簡單否定。同樣，雖然它的興起和歐洲走向現代之前的文藝復興及啟蒙運動有相似的地方（比如復歸古典、重解經典），但因為雙方社會政治結構的不同，我們也不該期待它像啟蒙主義那樣轉化成徹底的政治變革。盡管如此，清學經世致用、實事求是的核心追求，在兩三百年中不斷滋潤、滲透進士人的精神世界，不但在傳統儒學中開辟新路，而且在19世紀以來的政治劇變和刺激下，爆發強大的實踐沖動，成為中國現當代改革與革命的重要思想資源。