“世界環境日”當天，新改版后的環保部官網正式上線，水、大氣、土壤“三司”職能正式公布，“三司”神秘面紗揭開。

2016年6月5日，“世界環境日”當天，環保部官網（http://www.zhb.gov.cn/home/ztbd/sjhjr/2016hjr/）煥然一新。新改版的環保部官網首頁增加了“曝光臺”板塊，公布行政處理、執法信息。環保部機關由原來的16個變為19個，撤銷污染防治司和污染物排放總量控制司，新設水環境管理司、土壤環境管理司和大氣環境管理司三個司，原來的核安全管理司也更加細化，變為核設施安全監管司、核電安全監管司和輻射源安全監管司。

上述信息是環保部首次正式公開水、大氣、土壤“三司”信息，表明“三司”已正式設立。此前，5月31日，中國政府網發布《國務院關于印發土壤污染防治行動計劃的通知》，意味著“土十條”正式出臺。此前，中國已出臺“大氣十條”、“水十條”。至此，大氣、水、土壤頂層設計治理計劃已齊備。

澎湃新聞（www.kxwhcb.com）曾報道， 2016年全國兩會前夕，網傳環保部機構調整，新設水、大氣、土壤“三司”，并傳出一份三司人事任命名單，但未獲官方證實。

3月3日下午，環保部官網發布《關于環境保護部機構調整的回應》稱，2015年2月，中央有關部門批復同意環保部機構編制作部分調整，不再保留污染防治司、污染物排放總量控制司，設置水、大氣、土壤三個環境管理司。由于機構調整涉及面廣，內部職能、運行機制的建立和人員配備完全到位尚需要一個過程，待整個工作完成后，將專題向媒體發布。

6月2日，環保部網站在發布《2016年中國機動車環境管理年報》時，間接確認大氣環境管理司司長為劉炳江，除此之外，水、土壤司長還未由官方正式發布。

6月4日，環保部網站發布網站升級調試公告，至6月5日“世界環境日”當天，環保部網站煥然一新，新網站在機構職能一欄已經明確“三司”職能。

環保部官網顯示，水環境管理司負責全國水環境保護的監督管理。擬訂和組織實施水體污染防治政策、規劃、法律、行政法規、部門規章、標準及規范。擬訂水環境功能區劃和近岸海域環境功能區劃等工作。內設綜合處、地表水處、飲用水處、海洋處、水固定源處、農村處6個內設機構。

大氣環境管理司負責全國大氣、噪聲、光、化石能源等污染防治的監督管理，承擔大氣、噪聲、光、化石能源等污染防治和相關環境功能區劃等工作。內設綜合處、大氣處、區域協調處、大氣固定源處、機動車處、噪聲處6個機構。

土壤環境管理司主要負責全國土壤、固體廢物、化學品、重金屬等污染防治的監督管理。擬訂和組織實施土壤、固體廢物、化學品、重金屬等污染防治政策、規劃、法律、行政法規、部門規章、標準和規范等工作。內設綜合處、土壤處、固體處、化學品處4個機構。

2016年3月11日，環保部部長陳吉寧在十二屆全國人大四次會議上就“加強生態環境保護”的相關問題回答記者提問時指出，去年2月，中編辦給環保部一個批復，撤銷污染防治司和總量司，建立水、土、氣三個司。

陳吉寧當時表示，這項工作涉及面非常廣，不僅僅是兩個司變三個司的問題，涉及到一些流程的重構，涉及到與其他改革的銜接，比如環評制度改革的銜接。陳吉寧當時強調：“我們做這樣一項改革，主要目的就是要強化以環境質量改善為環保工作的核心，通過水、土、氣三個有明確質量要求的環境介質作為我們的核心業務司，強化我們的工作目標怎么樣圍繞大氣、水、土壤環境質量的好轉和改善來梳理我們的業務，強化我們的工作要求，提高我們的工作質量。這是在“十三五”時期，我們適應新的形勢完成環境質量總體改善這個目標的一個非常重要的改革舉措。”