1951年，中國大陸原有基督教大學(xué)紛紛被接管重組，并完全切斷了和外國的聯(lián)系，總部設(shè)于紐約的“中國基督教大學(xué)聯(lián)合董事會”（UBCCC）也中斷了對大陸的服務(wù)，把關(guān)注的目光轉(zhuǎn)向了港臺地區(qū)。當(dāng)年在臺的各大陸教會大學(xué)校友向UBCCC提出申請，計(jì)劃在臺灣聯(lián)合創(chuàng)辦一所新的教會大學(xué)，以繼承大陸時(shí)期十三所基督教大學(xué)的精神和學(xué)脈。這一倡議得到了UBCCC的支持，1953年，新大學(xué)定名“東海大學(xué)”，并選定臺中西郊大度山為校址。時(shí)任美國副總統(tǒng)尼克松親自到臺中主持了新校舍開工儀式。1955年11月2日，東海大學(xué)正式成立并開學(xué)上課。

東海大學(xué)校園由貝聿銘、陳其寬、張肇康等著名建筑師擔(dān)綱設(shè)計(jì)，以中國傳統(tǒng)庭院組合為藍(lán)本，融合了簡潔明快的現(xiàn)代建筑風(fēng)格，加之以濃密的林蔭道，成為令人神往的大學(xué)美景，其校園也因此被譽(yù)為臺灣最美的大學(xué)。校園核心區(qū)的路思義教堂，也以其極具先鋒氣質(zhì)的設(shè)計(jì)風(fēng)格，成為臺中乃至整個(gè)臺灣的重要地標(biāo)性景觀建筑。

大陸時(shí)期的三所天主教大學(xué)中，僅有輔仁大學(xué)在臺“復(fù)?！薄Ｔ谂_輔大校友于1956年成立了校友會，積極籌劃“復(fù)?！?。時(shí)任“教育部長”張其昀對于輔大“復(fù)?！币彩种С?，曾親臨校友會成立大會，并在致辭中明確表示支持“復(fù)?！?。而“復(fù)校”最終得以成功，與梵蒂岡教廷的態(tài)度也有很大關(guān)系。

1957年臺灣當(dāng)局“外交部長”訪問教廷，曾向教廷明確提出輔仁大學(xué)校友有在臺“復(fù)校”之意，教廷方面表示贊同。輔大在臺校友在校友會的組織下，數(shù)年間不斷努力，“雖然那時(shí)希望渺茫，但是校友會奔走呼吁，始終不屈不撓，鍥而不舍，歷經(jīng)兩載，終于獲得羅馬梵蒂岡對輔大復(fù)校做了原則上的決定。”（《學(xué)府紀(jì)聞?私立輔仁大學(xué)》）

1959年，羅馬教宗若望二十三世任命于斌主教為輔仁大學(xué)校長。次年“教育部”核準(zhǔn)輔大“復(fù)?！保?961年哲學(xué)研究所首先招生。1963年校方選定臺北縣新莊鎮(zhèn)營盤里為新校址，并正式設(shè)立文學(xué)院、外語學(xué)院和法學(xué)院，大學(xué)部由此正式成立。

與東海大學(xué)同在臺中的靜宜大學(xué)，也是一所與大陸時(shí)期教會學(xué)校有著密切歷史淵源的臺灣天主教大學(xué)。1920年，美國修女蓋夏姆姆（中文名“陸靜宜”）來到河南開封傳教，1932年在城內(nèi)創(chuàng)辦了私立靜宜女中。該校辦學(xué)卓有成效，成為1930年代河南省內(nèi)著名的優(yōu)秀中學(xué)。1951年，該校改名開封新生女中，1956年定名開封第八中學(xué)，并延續(xù)至今。

1948年，蓋夏姆姆來臺，次年即在臺中創(chuàng)辦了“天主教英語學(xué)校”。1956年，該校向“教育部”立案，正式成立“靜宜女子英語?？茖W(xué)?！?。此后該校穩(wěn)步發(fā)展，1963年升格為靜宜女子文理學(xué)院，1987年遷至臺中沙鹿，1989年升格為“靜宜女子大學(xué)”，1993年開始招收男生，并定名“靜宜大學(xué)”。

后“復(fù)?！睍r(shí)代：藕斷絲連的兩岸同名高校

從1970年代末開始，由于兩岸關(guān)系和臺灣社會的變化，大陸高校在臺“復(fù)?！边\(yùn)動(dòng)漸趨停止。雖然1980年代臺灣又出現(xiàn)了兩所與大陸時(shí)期高校同名的公立大學(xué)，但其與早前“政中清交”四校的“復(fù)?！保延辛嗣黠@的區(qū)別。

廣州中山大學(xué)曾經(jīng)是民國時(shí)期著名的國立高等學(xué)府，其在臺校友數(shù)十年間也一直在努力推動(dòng)“復(fù)?！保蚍N種原因，“復(fù)校”困難重重，進(jìn)展緩慢。這其中既有經(jīng)費(fèi)困難的因素，也有1970年代以后臺灣高等教育逐步普及，“復(fù)?！睙岢毙枰禍氐目紤]。

至1980年，“國立中山大學(xué)”終于獲準(zhǔn)成立，校址選定高雄西子灣。不過此時(shí)，高雄中山大學(xué)已不再強(qiáng)調(diào)是大陸時(shí)期廣州中山大學(xué)的“復(fù)?！?，而是以紀(jì)念孫中山的名義在臺灣組建的新大學(xué)。校方在校史沿革中雖仍提及大陸時(shí)期廣州中山大學(xué)的歷史，但對于1980年的高雄建校，已稱“在臺建?！倍恰皬?fù)?！薄Ｆ湫Ｊ芬矁H從1980年算起，?；找彩侵匦略O(shè)計(jì)的新圖案，沒有沿用廣州時(shí)期的老校徽。

不過，高雄中山大學(xué)在校園文化上，仍有諸多傳承自大陸時(shí)期的元素。如該校校歌，仍基本沿用了大陸時(shí)期老校歌，只是將首句“白云山高，珠江水長”改為了“中華文化，源遠(yuǎn)流長。”而校訓(xùn)也依舊沿用了大陸時(shí)期的“博學(xué)之、審問之，慎思之，明辨之，篤行之”。

1986年，臺灣嘉義成立了“國立中正大學(xué)”。設(shè)立此校的主要考慮，是中南部地方人士鑒于云嘉南地區(qū)缺乏高等教育資源，而不斷向臺當(dāng)局申請?jiān)诩瘟x設(shè)立一所“國立”大學(xué)。在這一過程中，成立于1949年的“國立中正大學(xué)旅臺校友會”，也積極奔走，為大陸時(shí)期江西中正大學(xué)在臺“復(fù)?！倍Α?981年，中正大學(xué)旅臺校友會加入“嘉義地區(qū)設(shè)立國立中正大學(xué)促進(jìn)會”，兩股力量合二為一，共同為在嘉義設(shè)立中正大學(xué)而努力。

盡管如此，嘉義中正大學(xué)也并不視本校為江西中正大學(xué)在臺的“復(fù)?！?。與高雄中山大學(xué)相比，嘉義中正大學(xué)對于江西中正大學(xué)的校史切割更加明確，校方特別強(qiáng)調(diào)除嘉義建校過程中，旅臺大陸中正大學(xué)校友會曾給予大力協(xié)助外，兩校完全屬于不同學(xué)校，前后并無任何傳承關(guān)系。從2010年開始，嘉義中正大學(xué)校方也不再承認(rèn)大陸時(shí)期江西中正大學(xué)校友為本校校友。

此外，在新北市淡水區(qū)的“圣約翰科技大學(xué)”，也與民國時(shí)期的上海圣約翰大學(xué)有一些歷史淵源。該校成立于1965年，最初名為“新埔工業(yè)?？茖W(xué)?！?，是上海圣約翰大學(xué)和圣瑪利亞女校的在臺校友聯(lián)合創(chuàng)辦的。該校至2003年改名“圣約翰技術(shù)學(xué)院”，2005年升格為“圣約翰科技大學(xué)”。該校?；請D案，也是以上海圣約翰大學(xué)老校徽為原型設(shè)計(jì)。但該校校史，也并不溯及上海圣約翰，而是以1967年新埔工專成立為校史起點(diǎn)。

與此類似的還有位于南投埔里的暨南國際大學(xué)。暨南大學(xué)在臺“復(fù)?！钡奶嶙h，最早在1984年提出。1990年在臺北成立了“國立暨南大學(xué)籌備處”。但至1995年正式建校時(shí)，已不再強(qiáng)調(diào)“復(fù)?！?，校名也加上了“國際”二字，以區(qū)別于廣州暨南大學(xué)。