沙勿略在日本只呆了兩年多時間，但這兩年卻奠定了早期耶穌會在日本的成功。他的傳教策略，決定了天主教在東亞的早期命運，不但探索了歐亞之間文化交融的可能，也暴露了兩者潛在的緊張關系。

沙勿略最初并不順利。薩摩藩的大名島津貴久本來準許他傳教，但一年后又因佛教寺院的壓力而禁止。他去京都謁見“國王”，根本也沒有結果。這期間他開始了解日本國家、政治及文化。他發現，在這樣一個經濟文化發達、社會控制相對嚴密的國度，他的歐洲和印度經驗很難移植。比如，過去強調安貧守節，和下層民眾打成一片，但在街頭空談教理，實難打動很多人（他在薩摩的一整年只有100人改宗）。而本地精英（大名、武士及僧侶）對社會有巨大的影響力，又對天主教義和歐洲最新的自然科學知識有極大興趣，一旦上層人士接受天主教，下層民眾很容易效法。

因此，從京都回到南方后，沙勿略徹底放棄了以前的方法。他脫下寒酸的教士袍，拿出最精美的衣服，從頭到腳包裝一新。再次去山口拜見領主大內義隆時，他帶上幾十位同樣衣著鮮亮的隨從，稱自己是特使，呈上印度總督及果阿主教的信件，并獻上新奇貴重的禮品，言談舉止中也處處體現他的貴族身份和教養。大內義隆果然轉變對沙勿略的印象，馬上允許他在自己的領地傳教。沙勿略后來在給耶穌會的信中描述：“在兩個月內……我們在山口給約500人施洗，而且人數每天都在增加?！?/p>

更為重要的是，沙勿略力求以日語進行日常交流和傳教。他要用當地人熟悉的語言和概念，來讓天主教和本土文化產生關聯。他發現日本人聰敏好學，對事物的產生、運行規律有著極大的興趣，他認為日本人是東方人中最為“理性”的。盡管讓他們直接接受天主教一些基本概念（譬如神恩或地獄）并非易事，但他們對自然知識有著強烈的好奇心。沙勿略向他們介紹地圓說、世界地理、天體運行乃至打雷下雨等等。這些新鮮的知識，從未載于日本人熟悉的中國經典或印度佛經中，不但解答了許多疑問，也為沙勿略贏得了日本知識人士的尊重。沙勿略當然沒有忘記借此宣揚天主教，說萬物之最終規律皆因創世之主。他更向歐洲同事匯報：淵博的知識可在日本人心中播下基督教的種子，為傳教打開一條通途。

沙勿略的策略迎合了16世紀日本精英對外部世界的關心。戰國時代，舊有秩序崩壞，領主相互攻伐。而軍事競爭最終比拼的是武器和財富。沙勿略此時來到日本，他所代表的不僅是一種新的精神引導，更是日本封建主們急切需要的與歐洲貿易的機會。幾年前的“鐵炮西來”已經讓歐洲火槍的聲名遠播列島，而在和中國官方的勘合貿易中斷后，葡萄牙商船則帶來豐厚的海外貿易利潤。

豐后國的大名大友義鎮（宗麟）就對沙勿略極為看重。他請沙勿略前往豐后，主要目的是想通過后者結交葡萄牙國王，轉達他送給葡國統治者的書信和厚禮。同時，他還請沙勿略帶豐后國的使者前往印度，向印度的葡萄牙總督示好。作為交換，大友義鎮許諾在他的領地內保護傳教士和教徒。這對于沙勿略而言，當然是極好的消息。他在生前寫給耶穌會的最后一封信中，興奮地預測：

“蒙耶穌基督垂青，我們在這些封國會大有收獲，我對此抱有極大希望。像這樣一個聰慧、溫和、渴望教導、由正確的理性所指引、而又兼備其他優秀品質的民族，理應成為一塊有望結出累累碩果的沃土，正如其從來所是?！?/p>

沙勿略的預言很快就實現了。他離開日本時，已有800日本人接受洗禮，成為基督徒（日語音譯為“吉利支丹”，Kirishitan）。

此后，耶穌會士源源不斷進入日本。他們中不少人采取和沙勿略相同的方式，在擴大社會影響的同時，更注重上層路線，結交各地大名，利用耶穌會和葡萄牙之間的合作關系，向他們提供貿易和武器進口方面的便利?！凹Уぁ眲萘υ谂c葡萄牙貿易頻繁的南方迅速擴大。1563年，九州島的大名大村純忠受洗，成為第一位“吉利支丹大名”。1570年，他將轄下的一個叫長崎的地方奉獻給教會，從此長崎開港，耶穌會士和其他歐洲人有了在日本的根據地，長崎也成為日本和歐洲貿易往來最重要的口岸。

隨后，有馬義貞、大友義鎮、有馬晴信、小西行長等一批大名受洗。封建領主的改宗，帶動領地內民眾大量附從。大村純忠就命令領地內人口全部改宗，一度6萬人成為“吉利支丹”。到了1582年，九州的天主教徒達到13萬。逐漸，天主教勢力向北蔓延。大坂附近的大名高山右近，亦受洗成為著名的天主教大名，他推動域內教權急速擴張，甚至在日本禁教后放棄領地、出走菲律賓。

但一開始，并非所有耶穌會士都貫徹沙勿略的本土化路線，直到1579年另一位重要人物，耶穌會遠東巡視員范禮安（Alessandro Valignano）抵達日本。

范禮安一改前任耶穌會日本負責人蔑視日本語言和文化、不培養本土神職人員的做法，訂下嚴格規則：任何前來日本傳教的耶穌會士必須學習日語，用日語傳教。與此同時，他要求教會大力培訓本地神職人員，將他們與歐洲傳教士一視同仁。在他推動下，數家神學學校在日本設立。他還力勸幾位吉利支丹大名，派出四位天主教少年為使節出訪羅馬，這個史稱“天正遣歐使團”的訪問團，走訪了西班牙、葡萄牙和意大利等地，帶回了當時歐洲先進的印刷技術，推動了基督教文獻在日本的傳播。不過，范禮安把本土策略甚至推向極致，規定耶穌會教士的行為、穿戴、舉止必須合乎日本等級秩序，以便融入當地社會。結果導致高級神職人員生活奢華，在長崎外出都要帶侍從等弊端。

范禮安的“融入”策略不僅施于日本，而且也用在中國。他在澳門即主張傳教士要學習中文。1582年，他從印度果阿征召了幾名年輕耶穌會士前往中國傳教，其中就包括后來溝通東西文化的標志性人物，“泰西儒士”利瑪竇。

當然，與本土文化的聯系也產生一些問題。比如上篇曾提及：沙勿略傳教初期，彌次郎以“大日”翻譯天主教中的God（Deus），效果雖好，卻屬誤譯。普通日本人以為沙勿略的神和佛陀是一回事，佛門真言宗勢力甚至歡迎他前來傳教。沙勿略后來以Deusu來音譯拉丁文Deus（神）一詞，人們才知道他所說的非但和真言宗半點關系沒有，還和佛寺爭奪信眾和政治資源。這自然遭到僧侶們的強烈抵制，他們說Deusu其實就是daiuso，大謊言。

這種矛盾其實有正反兩面。失去部分精英層的支持，當然會對天主教傳播構成障礙，但另一方面也讓不少反佛教人士更愿接受新宗教。沙勿略在給耶穌會的信中，花了很大篇幅描寫僧侶的墮落、日本平民的不滿，說那些在山口受洗的基督徒很熱衷揭露和尚們的“把戲和騙局”。這種情形頗有些像早期文藝復興時，歐洲知識分子對羅馬教會的嘲諷。

而與佛教劃清界限，反倒為天主教立足于動蕩的日本戰國時代，贏得了一定空間。首先，日本佛門宗派和政治集團相互糾纏，深度介入權斗，尾大不掉，所以戰國后期的幾位霸主：織田信長、豐臣秀吉和德川家康，都曾不同程度地對反對佛教的天主教持寬容態度。曾火燒比叡山延歷寺的織田信長，尤其痛恨佛寺插手政治，和耶穌會士們（特別是范禮安）頗有往來。另外，一些大名受洗之后，其宗教思想趨于極端，對佛教大加清洗迫害。典型的如大村純忠，就禁絕域內的佛寺神社，甚至殺害僧侶和拒絕改宗的平民。

總的來說，耶穌會這套精英化、本土化策略，為早期天主教進入東亞開辟了一條有效的途徑，開創了日本近代史上的天主教世紀。可這套策略也是雙刃劍，同時埋下了日后日本和中國的禁教的禍根。這是后話。