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新冠何時(shí)溢出到人類?疫苗如何應(yīng)對(duì)變異?石正麗等人發(fā)文探討
嚴(yán)重急性呼吸綜合征(SARS)、中東呼吸綜合征(MERS)和新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)都暴發(fā)于近二十年,并由不同的冠狀病毒株(CoV)引起。這些病毒被認(rèn)為來源于蝙蝠,然后通過中間宿主傳播給人類。SARS-CoV來源于野生動(dòng)物市場(chǎng)的果子貍,MERS-CoV源自單峰駱駝,但目前我們?nèi)晕创_定COVID-19病原體的直接來源。
近日,中科院武漢病毒所研究員石正麗和周鵬在頂級(jí)學(xué)術(shù)期刊《科學(xué)》(Science)發(fā)表了一篇新冠病毒傳播的評(píng)述文章,題為“SARS-CoV-2 spillover events”,對(duì)新冠病毒溢出事件、直接宿主溯源、病毒變異影響等方面進(jìn)行了回顧和探討。

兩位作者首先提到了水貂。此前的2020年11月10日,《科學(xué)》在線發(fā)表了由荷蘭鹿特丹拉斯姆斯醫(yī)學(xué)中心等機(jī)構(gòu)的研究人員聯(lián)合完成的一項(xiàng)研究,病毒學(xué)家Bas B. Oude Munnink等人深入報(bào)告了荷蘭的16個(gè)水貂養(yǎng)殖場(chǎng)動(dòng)物和在此工作生活的工人發(fā)生新冠病毒感染事件,97名農(nóng)場(chǎng)主、工人和他們的密切接觸者中有66名感染了新冠病毒,一些病人的毒株具有動(dòng)物序列特征,這為新冠病毒在水貂場(chǎng)內(nèi)動(dòng)物與人之間雙向溢出(spillover)提供了證據(jù)。
除了水貂,多種野生或家養(yǎng)動(dòng)物也可能攜帶新冠病毒或相關(guān)病毒。文章提到,此前的一些實(shí)驗(yàn)性病毒感染試驗(yàn)及病毒刺突蛋白和受體的親和試驗(yàn)已經(jīng)證實(shí),新冠病毒具有廣泛的宿主范圍。新冠疫情暴發(fā)后,一些研究組在中國馬蹄蝠和南亞走私的穿山甲中發(fā)現(xiàn)了SARS相關(guān)冠狀病毒,但基因組序列比較結(jié)果顯示,目前還沒有發(fā)現(xiàn)新冠病毒的直接祖先。家貓、家狗以及園區(qū)老虎也發(fā)現(xiàn)能被患者傳染新冠病毒,但同樣沒有證據(jù)表明它們可以傳染人類。石正麗等人認(rèn)為,它們不太可能是新冠病毒來源的宿主。
迄今為止,世界動(dòng)物衛(wèi)生組織在8個(gè)國家(荷蘭、丹麥、西班牙、法國、瑞典、意大利、美國和希臘)報(bào)告了水貂農(nóng)場(chǎng)發(fā)生新冠病毒感染事件。而除了農(nóng)場(chǎng)動(dòng)物向人傳播外,冷凍食品供應(yīng)鏈也已經(jīng)引起人們極大關(guān)注。
文章提到,在中國多個(gè)城市出現(xiàn)的幾起小規(guī)模新冠疫情,都是由海外受病毒污染的海鮮或豬肉引起。有證據(jù)表明,新冠病毒可以在肉類和冷凍食品包裝表面存活3周,且仍具傳染性。因此,感染新冠病毒動(dòng)物的肉或病毒污染的食品包裝可能是人類傳染源。
這引起了公眾對(duì)新冠病毒防控中的公共衛(wèi)生和農(nóng)業(yè)的關(guān)注。大多數(shù)感染新冠病毒的動(dòng)物并沒有明顯的臨床表現(xiàn),不進(jìn)行例行診斷就無法判斷。作者們提到,大規(guī)模撲殺養(yǎng)殖場(chǎng)水貂是防止病毒進(jìn)一步傳播的有效方法,然而這不適用所有家畜(如果發(fā)現(xiàn)其它物種是新冠病毒宿主)。因此,出于謹(jǐn)慎考慮,應(yīng)在高密度種群的家禽場(chǎng)中實(shí)施嚴(yán)格的隔離措施。
作者們還建議,由于病毒能在某些動(dòng)物(如水貂)與人之間傳播,類似的管控策略也應(yīng)在重要職業(yè)群體,如動(dòng)物飼養(yǎng)員、動(dòng)物園管理員或屠宰場(chǎng)工人中開展。不過新冠病毒在除了水貂之外的其它動(dòng)物與人間的傳播證據(jù)還比較有限。科學(xué)界應(yīng)開展其它家畜是否能攜帶新冠病毒,是否可以傳播給人類以及病毒溢出其它相關(guān)因素方面的研究。
針對(duì)病毒變異的問題,作者們寫道,現(xiàn)在已經(jīng)普遍認(rèn)為,冠狀病毒在跳到不同物種時(shí)往往會(huì)迅速進(jìn)化。為了保持低復(fù)制錯(cuò)誤率,冠狀病毒會(huì)編碼幾種RNA加工和校對(duì)酶,這些酶被認(rèn)為可以提高病毒復(fù)制的保真度。然而,病毒在適應(yīng)新的宿主物種時(shí)往往會(huì)降低這種保真度,這一現(xiàn)象背后的機(jī)制尚不清楚。
冠狀病毒刺突蛋白更易于突變,因?yàn)樗遣《靖腥舅拗鞯氖滓P(guān)鍵蛋白,因此面臨最強(qiáng)的選擇壓力。科學(xué)家在SARS-CoV基因組中已經(jīng)觀察到這種分子進(jìn)化現(xiàn)象,疾病傳播早期(果子貍到人類)比后期(人與人之間)受到的適應(yīng)壓力更大。
作者們指出,動(dòng)物中發(fā)生突變的新冠病毒可能會(huì)增加其在人群中的病理和傳播力。在水貂中發(fā)現(xiàn)了5種新冠病毒變異株,其中在丹麥,Cluster 5對(duì)新冠肺炎病人血清的免疫原性比人新冠病毒低,這是因?yàn)樵撟儺愔甑耐蛔兾挥诖掏坏鞍住luster 5毒株感染至少12人,但患者臨床表現(xiàn)、嚴(yán)重程度和感染者間的傳播與其它流行在人的新冠病毒株相似。
他們強(qiáng)調(diào),目前,尚無證據(jù)表明水貂新冠毒株的任何突變都可以逃避針對(duì)人流行株抗體的中和作用。但考慮到新冠病毒在人與某些動(dòng)物之間可能的溢出風(fēng)險(xiǎn),有必要密切監(jiān)測(cè)來自感染動(dòng)物和人的病毒基因組突變,特別是影響診斷測(cè)試、抗病毒藥物和疫苗開發(fā)的基因組突變。
疫苗將有助于控制COVID-19。但如果病毒繼續(xù)從動(dòng)物身上溢出,則針對(duì)當(dāng)前流行毒株的疫苗可能面臨挑戰(zhàn)。在動(dòng)物和人類物種間傳播過程中,病毒基因組很可能產(chǎn)生突變,這引起人們擔(dān)憂,當(dāng)前疫苗能否在未來預(yù)防新型毒株?
作者們提到,對(duì)動(dòng)物和人類病毒基因組的廣泛測(cè)序以及全球范圍的數(shù)據(jù)共享,將是監(jiān)測(cè)病毒基因組關(guān)鍵突變對(duì)疫苗效力影響的核心工作。實(shí)驗(yàn)室的研究應(yīng)檢測(cè)出現(xiàn)的突變是否影響病毒的主要特性,包括發(fā)病機(jī)理、免疫原性和交叉中和作用。此外,應(yīng)對(duì)新變體病毒疫苗的開發(fā)做好準(zhǔn)備。從長遠(yuǎn)來看,還應(yīng)考慮對(duì)動(dòng)物進(jìn)行疫苗接種,避免農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)的損失。

石正麗等人還對(duì)病毒溯源進(jìn)行了討論。蝙蝠或穿山甲攜帶的冠狀病毒基因組序列與人新冠病毒相似性達(dá)到90-96%,但它們是否是疫情暴發(fā)的動(dòng)物來源仍有爭論。蝙蝠和穿山甲病毒基因組進(jìn)化分析表明,在COVID-19大流行之前,病毒在動(dòng)物宿主或人類中已進(jìn)行了進(jìn)一步的適應(yīng)。因此,具有高種群密度的動(dòng)物通過自然選擇,并具有適用的新冠病毒受體ACE2,可能會(huì)成是新冠病毒的直接祖先宿主。
另一個(gè)爭論則是關(guān)新冠病毒來源。鑒于在一些進(jìn)口食品包裝表面檢測(cè)到新冠病毒,因此,接觸被污染的、未經(jīng)烹煮的食物可能是新冠病毒傳播的重要途徑。另外,近期有研究在COVID-19暴發(fā)之前采集的境外人員血清樣本中檢測(cè)出新冠病毒抗體,這表明疫情被發(fā)現(xiàn)之前新冠病毒已經(jīng)存在了一段時(shí)間。
石正麗等人建議,應(yīng)對(duì)疫情暴發(fā)前,來自水貂、其它易感動(dòng)物以及人的樣本進(jìn)行回顧性調(diào)查,以鑒定病毒祖先的宿主,并確定病毒何時(shí)溢出到人類。





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