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中國研發(fā)診斷工具可更靈敏地檢測SARS-CoV-2感染
原創(chuàng) 柳葉刀 柳葉刀TheLancet

“EBioMedicine是柳葉刀旗下的金色開放獲取期刊,致力于發(fā)表與疾病發(fā)生發(fā)展以及治療相關(guān)的原創(chuàng)性研究,以期幫助人們理解和健康相關(guān)的各個生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域。柳葉刀微信號特別推出EBioMedicine編輯精選論文合輯,分享給讀者。”
論文精選
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一種基于CRISPR-Cas12a的特異增強技術(shù),可更靈敏地檢測SARS-CoV-2感染
由嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)引起的新冠肺炎,已經(jīng)造成全球性大流行。rRT-PCR技術(shù)是目前COVID-19分子診斷的金標(biāo)準(zhǔn),然而, rRT-PCR診斷的準(zhǔn)確性經(jīng)常受到Ct值過高引起的假陽性或者假陰性問題的挑戰(zhàn)。
上海師范大學(xué)、中國科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心/植物生理研究所、深圳大學(xué)醫(yī)學(xué)院的科學(xué)家合作建立了一種基于CRISPR的診斷技術(shù),即PCR擴增核酸特異增強(SENA)技術(shù),并證明SENA的每次反應(yīng)LoD至少比rRT-PCR少兩個拷貝。
SENA是一種安全、簡單、穩(wěn)定、快速、低成本的診斷工具,不需要額外的儀器。更重要的是,它可以有效地消除基于PCR的診斷的不確定性問題,因而在COVID-19診斷和許多其他臨床應(yīng)用中具有巨大的應(yīng)用潛力。
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CUP AI Dx:一種利用RNA基因表達(dá)數(shù)據(jù)和人工智能推斷癌組織來源和分子亞型的工具
未知原發(fā)性癌癥(CUP)指存在轉(zhuǎn)移性腫瘤,但是臨床和組織病理學(xué)未能發(fā)現(xiàn)原發(fā)性病變的腫瘤。免疫組化檢測是用來識別腫瘤的細(xì)胞角蛋白和有限數(shù)量的細(xì)胞類型特異性抗原。利用基因表達(dá)、DNA甲基化和突變分析來診斷原發(fā)性組織的檢測方法提高了針對轉(zhuǎn)移性腫瘤的檢測能力。然而,這些測試缺乏對重要腫瘤類型分類的代表性,依賴于常規(guī)實驗室不常用的專業(yè)平臺,并且不能識別已經(jīng)被泛癌基因組研究識別的腫瘤分子亞型。
美國和澳大利亞的學(xué)者設(shè)計了一個深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,利用來自兩個最大的泛癌基因組聯(lián)盟癌癥基因組圖譜(TCGA)和國際癌癥基因組聯(lián)合會(ICGC)的32種癌癥類型的RNA序列基因表達(dá)來識別腫瘤的主要起源。作者還開發(fā)了一個機器學(xué)習(xí)分類器,一旦預(yù)測了腫瘤的主要來源,就可以識別11種癌癥類型的分子亞型。該分類器可以廣泛應(yīng)用于具有RNA測序數(shù)據(jù)的臨床樣本。
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活疫苗感染負(fù)載可引起預(yù)防寨卡病毒感染所需的適應(yīng)性體液和細(xì)胞免疫
針對寨卡病毒等黃病毒的疫苗研發(fā)喜憂參半,盡管已經(jīng)確定了許多潛在的候選疫苗。缺乏對疫苗固有屬性的了解限制了其發(fā)展,對已經(jīng)被證明成功的黃熱病減毒活疫苗(YF17D)的研究發(fā)現(xiàn),先天免疫反應(yīng)的大小以及疫苗負(fù)荷持續(xù)時長與最終的中和抗體滴度有關(guān)。然而,疫苗負(fù)載的持續(xù)時間是否在功能上決定疫苗的免疫原性和有效性仍有待確定。
來自新加坡國立大學(xué)的一項研究強調(diào)疫苗負(fù)載在開發(fā)針對寨卡病毒感染的適應(yīng)性免疫反應(yīng)中的關(guān)鍵作用。這項研究還表明,一個A129小鼠模型研究說明,成功的寨卡病毒疫苗必須誘導(dǎo)體液免疫和細(xì)胞免疫,以達(dá)到殺菌免疫和防止寨卡病毒傳播的目的。該研究結(jié)果可以指導(dǎo)未來寨卡病毒和其他黃病毒疫苗的開發(fā)。
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綜合多組學(xué)研究揭示了人類后代輔助生殖技術(shù)的表觀遺傳學(xué)風(fēng)險
輔助生殖技術(shù)(assisted reproductive technologies,ART)會引起后代表觀遺傳異常。以往研究主要集中在ART對少量基因或重復(fù)元件的表觀遺傳影響。北京大學(xué)附屬第三醫(yī)院喬杰院士團(tuán)隊通過系統(tǒng)地分析DNA甲基體、四個全基因組組蛋白修飾和后代的轉(zhuǎn)錄組,揭示了不同ART程序?qū)Ρ碛^基因組產(chǎn)生的獨特的或者普遍的影響。研究表明,ART誘導(dǎo)的表觀遺傳改變傾向于遠(yuǎn)離活躍的順式調(diào)控元件。而且,ART產(chǎn)生的雙胞胎其DNA甲基體的相似性降低, 證實了后代中DNA甲基組的很大比例的變化可以由他們的父母背景偏差來解釋。同時,作者首次報道了ARTs對四種不同組蛋白修飾(H3K4me3、H3K4me1、H3K27me3和H3K27ac)的全基因組影響。IVF-ET幾乎對兩種組蛋白修飾都沒有干擾。H3K4me3是ICSI和凍融過程中受影響最大的組蛋白修飾。該研究為了解ART后代長期健康風(fēng)險研究提供了表觀遺傳學(xué)基礎(chǔ)。
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基于白細(xì)胞介素-6和白細(xì)胞介素-10比值預(yù)測COVID-19的預(yù)后
新冠肺炎患者的循環(huán)細(xì)胞因子水平升高并快速發(fā)展為急性呼吸窘迫綜合征。都柏林-波士頓評分基于白細(xì)胞介素(IL)-6與白細(xì)胞介素-10比值隨時間的變化,并確定住院患者存在發(fā)生不良結(jié)局的風(fēng)險。愛爾蘭皇家外科學(xué)院的科學(xué)家評估了該評分及其衍生的IL-6:IL-10的變化,研究顯示其明顯優(yōu)于單獨使用IL-6的預(yù)測能力。細(xì)胞因子平衡的改變可預(yù)測臨床進(jìn)展,并可用于指導(dǎo)臨床決策。對預(yù)后的預(yù)測有助于確定何時升級或降級護(hù)理,這是當(dāng)前新冠肺炎大流行期間有效分配資源的關(guān)鍵。
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高血壓與海馬連接減少和記憶受損有關(guān)
高血壓與記憶和認(rèn)知有關(guān)。有報道稱高血壓患者大腦某些區(qū)域的結(jié)構(gòu)改變。復(fù)旦大學(xué)和英國華威大學(xué)的科學(xué)家在一項由英國生物銀行19507名參與者參與的神經(jīng)影像學(xué)研究證實,高血壓病史與海馬體的功能連通性降低有關(guān),還與顳下皮質(zhì)、后扣帶回皮質(zhì)和背外側(cè)前額葉皮質(zhì)有關(guān)。海馬功能連接的降低導(dǎo)致前瞻性記憶評分的降低。在很大的收縮壓范圍內(nèi),海馬功能連接的降低和記憶障礙之間存在一種分級線性關(guān)系。該研究對高血壓的臨床治療具有重要意義。
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脂毒性對囊性纖維化的作用
囊性纖維化(CF)是一種常染色體隱性遺傳疾病,由CFTR基因突變引起,CFTR基因編碼位于上皮細(xì)胞頂端表面的氯離子通道。長期觀察發(fā)現(xiàn)CF患者組織缺乏不飽和脂肪酸(UFA). 然而,這種缺陷對疾病病因的影響一直是爭論的焦點。法國瓦捷大學(xué)(Universite de Poitiers)學(xué)者撰寫綜述討論脂毒性對囊性纖維化的作用。綜述首先強調(diào)人們對脂肪酸失調(diào)的普遍共識,雖然有些共識來源于明顯矛盾的研究。在第二部分中,作者基于膜生物物理特性的改變(即脂肪中毒),提出了一個統(tǒng)一的機制來解釋這些脂肪酸失調(diào)在CF細(xì)胞中的潛在影響。最后,本文還討論了脂肪中毒對CF疾病進(jìn)展的影響以及它如何影響目前治療的療效。END
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